evil:2point
А если декодировать в WAV и сравнить побитово?

Mr.Merak:2point
offset и там и там ставил одинаковый?

zelenin:2point
может быть проги добаляют какие-нибудь тэги?

R-A-Y:А где взять MAC.exe ?

R-A-Y:Чем APE ненормален ?

R-A-Y:2meDveD
Нельзя ли поподробнее чем например потрековый APE хуже потрекового FLAC ?

По существу:

Преимущества APE перед FLAC:
1) APE чуть сильнее сжимает. Чуть!
2) Вы всегда узнаете, что ваш HDD посыпался, или файл неправильно скачался - он просто не станет воспроизводиться. Но не сможете открыть недокачанный файл, а в случае APE+CUE лишитесь всего альбома повредив лишь бит.
Можно провести собственные замеры, но вполне можно доверять вот этим:
http://members.home.nl/w.speek/comparison.htm
Преимущества FLAC перед APE:
1) FLAC чуть быстрее сжимает.
2) БОльшая доступность на "не-совсем-легальных" сетевых ресурсах.
3) Преобладание среди легальных сетевых ресурсов (записи независимых музыкантов, как бесплатные так и платные). В целом преимущество незначительно из-за незначительности таких ресурсов по сравнению со всеми остальными.
4) Широкая программная поддержка по сравнению с ужасно слабой поддержкой APE. Все это вызвано строгостью лицензии APE, и открытостью FLAC. Впрочем, пользователи MS Windows могут этим пренебрегать, так как эта платформа поддерживается.
5) Поддержка рядом аппаратных плееров, и высокая вероятность появления все новых устройств, поддерживающих FLAC в будущем. "Лед тронулся."
Низкая вероятность появления устройств поддерживающих APE.
У APE отсутствует официальная поддержки у чего-либо кроме ПК с MS Windows. Для некоторых устройств есть неофициальная прошивка Rockbox, добавляющая поддержку APE и FLAC (а также Wavepack и кое-чего другого). FLAC лучше подходит для портативных плееров, в связи с меньшей ресурсоемкостью и, следовательно большИм временем работы от батареи.
6) APE при высокой степени сжатия, или недостаточной мощности системы может тормозить при открытии или перемотке файла, а также при переходе на следующий трек в связке APE+CUE. Если APE сжат с настройками "Insane" тормозить будет даже на мощной системе.

Как же выбрать?
Ну начнем с того, что же важно.
Важно чтоб работало, поэтому люди все еще конвертируют lossless в mp3, ogg, или пишут диски для прослушивания на бытовых плеерах. Но это не наш случай. Остаются бытовые плееры с поддержкой lossless: Apple с их ALAC (придется самому конвертировать) и прошивкой Rockbox добавляющих и APE и FLAC, Sony с их ATRAC (придется самому конвертировать), немалый ряд плееров, поддерживающих FLAC оффициально и небольшой ряд плееров с прошивкой Rockbox добавляющих APE и FLAC. Также есть КПК и смартфоны, для которых существует софт добавляющий поддержку lossless-форматов: для FLAC такого софта полно, для APE - мало. Большинство любителей музыки на компьютере сидит за Windows и им доступен и APE и FLAC. Предпочитающие Mac и Linux легко добавят поддержку FLAC, но с APE придется повозится, а может и вовсе не выйти.
Из менее важного.
Источник lossless - это диски, честно купленные и rip-нутые для прослушивания на компе, или плеере. Второй, но более распространенный источник - сеть, и здесь наиболее популярен flac, затем ape и wavepack. Что удобно/нравится релизеру - то и качаем. Конечно потом можно конвертировать. Но в случае с торрент-трекерами нельзя будет раздавать торрент, и остается два варианта: не раздавать (меньше популярность релиза, нет возможности повысить рейтинг на торрент-трекере), хранить оригинальный релиз специально для раздачи (но тогда какой смысл сжимать музыку если никакой экономии места и даже наоборот?).
Из маловажного.
Естественно хранить несжатый WAV невыгодно - слишком много места занимает. А lossy не подходит по качеству звука. Тогда есть смысл сжимать lossless. Качество сжатия у FLAC и APE примерно равное - от 55 до 60 %. Сверхсжатие (FLAC уровень 8 и APE на "Insane") никого не интересует - на него тратится слишком много времени, уменьшение объема по сравнению с разумными настройками мизерно, а в случае APE еще и сложнее декодировать.
Взятый мною для примера замер ( http://members.home.nl/w.speek/comparison.htm ) показал, что при нормальных (и сравнимых) настройках кодирования (APE на "normal", FLAC на "level 5") APE кодирует в 1,1 раза дольше и а размер APE-файла получится в 1,04 раза меньше чем размер FLAC'а. Например альбом будет кодироваться во FLAC 33 секунды с итогом - 256МБ, или в APE 36 секунд с итогом 245МБ.

Вывод: APE бесполезен. Безусловно у FLAC есть достойные конкуренты, но это точно не APE. У FLAC вполне хорошая степень сжатия при высокой скорости кодирования, отличная поддержка у софта и железа, великолепная скорость декодирования (читай низкая ресурсоемкость, малое энергопотребление).

P.S.:
О конкурентах FLAC
Судя по этому: http://www.hydrogenaudio.org/forums/index.php?showtopic=58850
TAK быстрее и лучше сжимает чем FLAC: сжал в 1,037 раза лучше при этом в 1,07 раз быстрее, или сжал так же как и FLAC level 5, но в 1,4 раза быстрее. При этом правда несколько выше время декодирования (в 1,12-1,2 раза дольше). Эти показатели хороши.. но больше со спортивной точки зрения. Этого недостаточно чтобы "победить" FLAC. Производители плееров уже начали использовать FLAC, им не нужен "еще один кодек, который немного лучше", ну а главная "фишка" TAK - быстрое кодирование производителей плееров вообще не волнует, разница в 5% объема данных для плееров не волнует вообще никого (275 или 283 lossless-трека на 8ГБ flash-плеере). Жесткие диски дешевые, время кодирования и так небольшое. FLAC распространен и доступен. Увы но мне не нужен TAK, ничего личного Herr Thomas Becker.

CR:во всяком случае это лучше чем ape с кучей проблем (в линухе с ним вообще опа  )

zelenin:если нужно чистое стерео, но знатоки советуют джойнт