Изучение SDK показывает, что оно изначально писалось как портабельное, да и сама организация плагинов слабо зависит от ОС (там даже имеется собственная реализация доступа к файлам), так что основная проблема не в самом фубаре, а в миллионе плагинов которые никто не собирается переписывать. Причём переписывание каких нибудь Input или DSP плагинов скорее всего тривиально, но вот плагины связанные с UI придётся полностью переделывать, так как графические возможности и оконные менеджеры в разных ОС сильно отличаются.
А вообще говорят, что он и под Wine неплохо работает:
http://www.hydrogenaudio.org/forums/index.php?showtopic=54933