В Adobe audition можно делать вычитание аудио сигналов. Нужно один скопировать и вставить в другой через функцию Mix paste, включив инвертирование. В Audacity можно открыть два файла, инвертировать сигнал в одном файле (перевернуть фазу), и свести с другим через Tracks->Mix->Mix and render to new track.
Плагин для фубара foo_biometric может вычислять процент похожести аудио файлов.